En su último mensaje cifrado, los 44 tripulantes del submarino ARA San Juan advirtieron que estaban "fatigados" por haber atravesado una durísima situación, con olas de hasta 6 metros. Además comunicaron que habían bajado a 40 metros para tratar de arreglar algunas de las baterías y poder descansar.
En esta comunicación, enviada por el teniente de navío Fernando Villarreal a la Central de Comunicaciones de Submarinos, se indicó además que estaban "a plano de periscopio", con el dispositivo sobre la superficie del mar. También se reportó que estaban propulsados "con circuito dividido" ya que habían desconectado las baterías de la proa por "cortocircuito y principio de incendio". También indicaron que se dirigían a Mar del Plata, a 5 nudos de velocidad.
Villarreal y el jefe de Alistamiento y Adiestramiento Naval, vicealmirante Luis López Mazzeo, que fue suspendido, presentaron descargos contra el sumario elaborado por ex jefe de la Armada, almirante Marcelo Srur, que fue despedido. Srur los acusó de haber permitido zarpar al submarino a pesar de que tenía "severas anomalías".
En la madrugada del 15, el ex jefe de la Fuerza de Submarinos Claudio Villamide indica que habló a través del teléfono satelital con el comandante del San Juan, que le comunicó que estaban "navegando en superficie" porque habían sufrido "un cortocircuito con principio de incendio en la batería de proa, presumiblemente por ingreso de agua de mar".
Villamide le ordena que suspendan las operaciones se dirijan hacia Mar del Plata. "Me respondió acatando la orden, la que cumpliría cuando volviera a inmersión porque en ese momento estaba navegando con rumbo 080° (mar adentro, para no quedar con la tormenta pegándole de un lateral y a 5 nudos de velocidad, propulsando con circuito dividido, se encontraban cargando aire", indicó.
El comandante del submarino capitán de fragata Pedro Fernández le responde que en cuanto fueran a inmersión pasarían al tanque de baterías "para evaluar el cortocircuito, desconectar y puentear lo que fuera necesario para reconectar el circuito de proa".
Ante las diferencias de criterios, Villamide deja que Fernández decida "de acuerdo a las circunstancias del momento". Antes de cortar le dice que estaban "fatigados por el temporal" y que "irían a plano 40 para entrar al tanque de baterías N° 3 y evaluar daños". Villamide le dijo que debían enviar reportes cada 36 horas y un día después se declara desaparecido al submarino, luego de que no enviara reportes en determinados horarios, consigna Clarín.
En sus descargos, argumentan que los periscopios "estaban en servicio" y, en relación al ingreso de agua, que "el buque probó el cierre de dicha válvula verificando su estanqueidad", es decir, el buen funcionamiento.
El ARA San Juan zarpó el lunes 13 de noviembre rumbo a Mar del Plata, en custodia de la pesca ilegal sobre el Mar Argentino. El miércoles 15 informó que había sufrido una avería en sus baterías y habían combatido un "principio de incendio". Tres horas después perdió todo tipo de comunicación. En la embarcación iban 44 tripulantes.
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